親和(hé / huò)層析主要(yào / yāo)依靠蛋白質與介質配體間特異性的(de)可逆結合作用進行分離。配體可直接與目标蛋白質結合，也(yě)可以(yǐ)與蛋白質共價結合的(de)标簽結合。親和(hé / huò)層析通常是(shì)一(yī / yì ／yí)種最粗放的(de)純化過程，一(yī / yì ／yí)般在(zài)純化工藝的(de)前期應用，可将目标物質快速的(de)從樣本中捕獲出(chū)來(lái)，基于(yú)後續應用的(de)要(yào / yāo)求，可能隻需要(yào / yāo)一(yī / yì ／yí)步親和(hé / huò)層析即可獲得純度合格的(de)蛋白質。
蛋白質和(hé / huò)親和(hé / huò)介質不(bù)結合檢查質粒序列或将标簽移到(dào)其他(tā)位置，标簽移到(dào)其它位置扔被包裹在(zài)結構内部時(shí)，就(jiù)要(yào / yāo)将标簽暴露出(chū)來(lái)（如用尿素變性，但尿素變性性隻有部分标簽蛋白可以(yǐ)和(hé / huò)親和(hé / huò)填料結合如His标簽蛋白和(hé / huò)金屬螯合填料，但GST标簽和(hé / huò)GST填料就(jiù)不(bù)能在(zài)親和(hé / huò)結合）
調整緩沖液，如金屬螯合介質和(hé / huò)His标簽蛋白結合時(shí)pH應在(zài)7.3-8.5之(zhī)間，在(zài)如肝素親和(hé / huò)介質和(hé / huò)DNA聚合酶結合時(shí)鹽濃度太高影響結合，應控制在(zài)50mM以(yǐ)下。層析柱沒平衡好，柱床體系中的(de)環境如pH，離子(zǐ)強度也(yě)會影響結合，層析上(shàng)樣前要(yào / yāo)充分的(de)平衡層析柱。
降低上(shàng)樣流速讓蛋白和(hé / huò)介質有充分的(de)接觸時(shí)間。
親和(hé / huò)介質分類，一(yī / yì ／yí)類是(shì)特異性結合一(yī / yì ／yí)種蛋白，另一(yī / yì ／yí)類是(shì)特異性結合一(yī / yì ／yí)類蛋白。如蛋白a介質結合一(yī / yì ／yí)種蛋白，而(ér)肝素介質結合一(yī / yì ／yí)類蛋白。所以(yǐ)選擇的(de)時(shí)侯我們一(yī / yì ／yí)定要(yào / yāo)了(le／liǎo)解其原理。
蛋白結合在(zài)柱子(zǐ)未洗脫出(chū)增加洗脫強度，比如his蛋白和(hé / huò)鎳柱結合，可以(yǐ)增加取代基咪唑的(de)濃度。
通過調整層析過程的(de)緩沖液增加蛋白的(de)穩定性，改善蛋白在(zài)層析柱上(shàng)的(de)狀态。聚集在(zài)層析柱上(shàng)時(shí)就(jiù)要(yào / yāo)對層析柱進行CIP清洗。
調整層析過程的(de)流速，流速影響蛋白質和(hé / huò)介質的(de)親和(hé / huò)力，層析時(shí)要(yào / yāo)選擇合适的(de)流速。
上(shàng)樣後，要(yào / yāo)對柱床進行充分的(de)淋洗，将未和(hé / huò)介質結合的(de)留在(zài)介質顆粒間隙，孔内的(de)蛋白洗出(chū)來(lái)，在(zài)洗脫。
優化體系緩沖液，比如加入10%的(de)甘油等減少蛋白之(zhī)間的(de)非特異性結合。
優化緩沖液，減少層析過程的(de)非特異性結合，如His蛋白用金屬螯合填料純化時(shí)，可以(yǐ)在(zài)緩沖液中加入300mM的(de)氯化鈉，減少蛋白和(hé / huò)介質的(de)非特異性結合。
如肝素柱子(zǐ)洗脫過程中拉合适的(de)鹽梯度可以(yǐ)提高特異性，His标簽蛋白和(hé / huò)金屬螯合介質結合後，洗脫時(shí)拉咪唑梯度可以(yǐ)提高純度。
優化緩沖液使其利于(yú)蛋白質保持穩定。蛋白質在(zài)介質上(shàng)的(de)高密度下容易聚集可以(yǐ)添加一(yī / yì ／yí)些蛋白的(de)增溶劑等。
純化過程中保持蛋白的(de)活性的(de)輔助因子(zǐ)被去除
如一(yī / yì ／yí)些酶類的(de)活性需要(yào / yāo)金屬離子(zǐ)輔助其活性，在(zài)純化過程中就(jiù)要(yào / yāo)添加蛋白的(de)活性輔助因子(zǐ)。
