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當前,以(yǐ)PacBio、Nanopore爲(wéi / wèi)代表的(de)三代測序技術已成爲(wéi / wèi)全基因組測序(WGS)的(de)主流方法。利用無需PCR過程的(de)單分子(zǐ)測序技術,進行長讀長測序,無論是(shì)對基因組組裝還是(shì)基因組變異檢測,都具有很高的(de)準确率。更可利用測序過程中聚合酶反應的(de)動力學變化,分析基因組學和(hé / huò)表觀遺傳學數據,适合于(yú)基于(yú)多組學研究的(de)應用場景。
結合當前大(dà)力發展中醫藥研究及産業化的(de)時(shí)代大(dà)背景,基于(yú)全基因組測序及多組學研究的(de)技術,已經成爲(wéi / wèi)了(le/liǎo)中醫藥科學研究的(de)重要(yào / yāo)推動力。日前,來(lái)自醫科大(dà)學、中醫科學院道(dào)地(dì / de)藥材重點實驗室、以(yǐ)及安諾優達的(de)聯合團隊利用PacBio三代測序技術,發表了(le/liǎo)一(yī / yì /yí)個(gè)染色體水平的(de)高質量三七參考基因組,并通過基因組演化分析,鑒定了(le/liǎo)系統發育與全基因組複制事件對于(yú)皂苷合成的(de)影響。
三七是(shì)五加科人(rén)參屬的(de)多年生草本植物,因其廣泛的(de)藥理學作用,在(zài)中國(guó)近千年的(de)臨床治療中發揮了(le/liǎo)重要(yào / yāo)的(de)作用。結合多組學研究數據,研究人(rén)員還對三七進行了(le/liǎo)詳細的(de)轉錄水平分析,揭示了(le/liǎo)三七的(de)小塊莖形成的(de)基因調控機制,從時(shí)間和(hé / huò)空間水平上(shàng),進一(yī / yì /yí)步研究了(le/liǎo)皂苷的(de)合成和(hé / huò)調控。鑒定到(dào)了(le/liǎo)5個(gè)糖基轉移酶基因,在(zài)三七中催化不(bù)同的(de)人(rén)參皂苷的(de)形成。
文章中所報道(dào)的(de)三七全基因組數據爲(wéi / wèi)将來(lái)進一(yī / yì /yí)步研究三七生長特性、栽培、育種以(yǐ)及皂苷合成提供了(le/liǎo)遺傳數據資源。這(zhè)一(yī / yì /yí)成果發表于(yú)核心期刊《Plant Communications》。
三代全基因組測序對基因組DNA的(de)濃度、純度有較高要(yào / yāo)求,隻有質量合格的(de)樣品才能進入測序流程,否則将導緻錯誤的(de)産生。
本文中樣品質控使用了(le/liǎo)Implen的(de)Nanophotometer®及Qubit 2.0,分别對提取的(de)基因組DNA進行純度及濃度檢測。A260/A280、A260/A230方法爲(wéi / wèi)核酸樣品質控的(de)通用方法,同時(shí)也(yě)是(shì)目前的(de)标準方法。Nanophotometer®可以(yǐ)準确的(de)測量A260/A280和(hé / huò)A260/A230,提供完整的(de)DNA純度數據,完全符合期刊對于(yú)數據完整性的(de)要(yào / yāo)求。
這(zhè)得益于(yú)設備高精度的(de)光學結構,在(zài)全波長掃描下可同時(shí)獲得全波長數據。無論是(shì)NGS,三代測序,還是(shì)QPCR,DNA還是(shì)RNA,Nanophotometer®都可以(yǐ)令您得心應手,助力您的(de)科學研究。
如果您使用基因測序作爲(wéi / wèi)研究手段,可根據通量需求選擇Implen的(de)N60或N120系列,實現對少量或大(dà)量核酸樣本的(de)質控。N60作爲(wéi / wèi)單通道(dào)設備,性能出(chū)衆,操作便捷;N120可一(yī / yì /yí)次測量12個(gè)樣品,得到(dào)準确結果。二者均具有很好的(de)波長精度,适合多波長測量下的(de)比值數據獲取。
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